Sebagai Unit Pelaksana Teknis di bidang perpustakaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor yang sehari-hari pembinaanya dilakukan oleh Pembantu Rektor. UPT Perpustakaan bertugas memberikan pelayanan bahan rujukan dan informasi untuk keperluan pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Untuk penyelenggarakan tugas tersebut perpustakaan mempunyai fungsi menyediakan dan mengolah bahan pustaka, memelihara bahan pustaka, melakukan pelayanan, dan melakukan tugas tata usaha perpustakaan.

Sesuai dengan kedudukannya sebagai UPT Perpustakaan Unisnu Jepara berada di bawah dan bertanggungjawab langsung kepada Rektor. Adapun pembinaan seharí-harinya dilakukan oleh Wakil Rektor 1. Dalam melaksanakan tugasnya kegiatan layanan perpustakaan disalurkan melalui 5 bidang kegiatan sebagai mana dijelaskan pada gambar di bawah ini.